El Ayuntamiento quiere habilitar el Molino de Caparroso como escuela de piragüismo, y para ello se ha diseñado un edificio que incluye un prisma voladizo de 12 metros de longitud sobre la superficie del río Arga, entre otras nuevas dependencias como almacenes y oficinas. Dicha obra incumplía el grado de protección del Molino de Caparroso, por lo que el Pleno del Ayuntamiento, con la única oposición del grupo socialista, aprobó el 5 de octubre una modificación del Plan Municipal para legalizar "la alteración de los volúmenes, alineaciones y alturas actuales". 

Roberto Urtasun, el arquitecto que redactó el primer proyecto para la recuperación del Molino de Caparroso en 1999, señala en su alegación que el nuevo volumen proyectado "afecta gravemente al conjunto y no cumple con el grado de protección asignado por el Catálogo del Plan Municipal". Roberto Urtasun añade que "la redacción del nuevo proyecto ya se ha adjudicado sin que la alegación haya obtenido respuesta".

Urtasun advierte de que el Molino de Caparroso "es uno de los edificios civiles más antiguos de la ciudad", y recuerda que su grado de protección no exige una reconstrucción, "sino el mantenimiento de los elementos de valor", por lo que "la implantación de nuevos usos debe ser compatible con conservar el carácter" del edificio. Según lo proyectado, "se altera el perfil y desaparecen las cubiertas", advierte este arquitecto, lo que "se aleja de las conclusiones del estudio arqueológico de Trama", en el que se indica el siglo XVI como "la etapa más idónea para recrear su reconstrucción".

Por todo ello, Urtasun estima que "no es adecuado ni lógico superponer un paralepípedo que vuela 12 metros sobre el río". Así las cosas, concluye que "debe buscarse un emplazamiento adecuado para la escuela de piragüismo y un uso adecuado para el Molino de Caparroso", dado que en este proyecto "ambas cosas son incompatibles".